利用现代信息技术和开票申报查询模式，网络开票系统全面、准确记录了纳税人经营活动，确保发票流通的惟一性、真实性和安全性。
网络开票的核心功能是“实时数据采集、同步数据传输与反馈、先比对后抵扣（或先比对，后处理）”。防伪税控开票子系统在网络开票模式下，纳税人在开具发票的同时，税务机关的服务器中就能实时采集其开票信息，这样纳税人就不再需要每月到税务机关进行报税；税务机关服务器实时采集开票方的开票信息后，服务器可及时将票面信息以电子数据的形式通过网络再同步反馈给受票方的防伪税控开票子系统；受票方取得发票后，如果手工输入的纸质发票代码、号码、税额等信息与税务机关服务器反馈数据一致，那么就可以证实该发票信息是真实的，这对打击假发票具有重要作用，同时一般的中小型企业就可以不再需要到税务机关排队认证发票或购置扫描设备进行认证。
网络开票能够减轻纳税人的办税负担也能减轻税务机关的工作负担，首先网络开票的实时数据采集、同步数据反馈功能，既可以大量减轻税务机关办税服务厅的认证和报税工作，也能够对纳税人的开票情况进行24小跟踪监控，使税务机关“以票控税”的监管能力明显增强。在网络开票模式下，抵扣方（一般纳税人）需要先将纸质增值税专用发票的票面信息输入系统，与税务机关服务器反馈的开票方的开票信息比对一致后，抵扣发票数据才能被系统接受，抵扣方纳税人才能抵扣该张发票（如果是作废票、涉案虚开票或其他已被系统认定为无效的发票，系统可不予处理或抵扣，并自动提醒受票方）。“先比对、后抵扣（或先比对、后处理）”功能，能够大幅度减少当前的各种涉票调查，减轻基层税务机关的调查工作负担，提高纳税人鉴别发票真伪的能力，对降低各类发票违法案件，降低纳税人不必要税收发风险都具有积极意义。
目前，我国已经有河北省沧州市、广西自治区玉林市、辽宁鞍山、山东淄博、江苏省扬州市等地方试行网络开票。
网络开票系统的成本比照现行的增值税开票系统，从企业应用的角度来看成本已经大大降低。欧米软件有限公司在其网站上，对网络开票系统从技术角度做过详细的分析，简要摘录如下：从网上开票系统的架构来看，也分为B/S架构和C/S架构两个基本类型，从整个系统的运营成本来看，B/S架构的软件要远远低于C/S架构的系统，主要是B/S架构系统对于开票方（纳税人）来说是不需要安装软件的。